På slutet av 1100-talet byggde Sigfrid, som kom från England för att missionera i Sverige, en kyrka i Växjö. Redan vid den tiden blev också Växjö ett biskopssäte. 1342 fick Växjö sina stadsprivilegier. På grund av sitt strategiska läge som en gränsby till Danmark (eftersom Skåne och Blekinge lång tid tillhörde Danmark) utvecklades handeln och marknaden i Växjö. Hit kom både danskar och svenskar för att sälja och köpa de varor som producerats i bägge länder. När freden i Roskilde slöts vid mitten av 1600-talet blev förhållandet ett helt annat. Nu gick gränsen till Danmark inte längre i närheten av Växjö. Staden som tidigare varit en viktig handelsplats mellan länderna blev inte alls lika betydelsefull längre. Utvecklingen stagnerade.
Dackefejden
Under 1500-talet hamnade Växjö mitt i det stora upproret Dackefejden hos de småländska bönderna. 
Befolkningen var mycket upprörda över hur Gustav Vasa behandlade invånarna i landet och på den hårda beskattning de drabbats av. Fogdarna i Småland hade under lång tid behandlat bönderna mycket dåligt. En styrka av flera hundra bönder gjorde uppror under ledning av Nils Dacke. Gustav Vasa skickade genast en stor styrka till Småland för att kväsa upproret. Man trodde att detta skulle gå fort. Man misstog sig dock. Det visade sig att Nils Dacke var en mycket duktig härförare och han hade folket bakom sig. Några viktiga sammandrabbningar ägde rum i Växjö bland annat. Nils Dacke och bönderna kände väl till skogarna i Småland och kunde gömma sig där. Kungens soldater fick stora problem att slå ner upproret. Upproret spred sig snabbt till andra delar av landet. Till slut tvingades kung Gustav Vasa att sluta fred med Nils Dacke och bönderna. Nu satt Dacke som ledare över stora delar av Småland och även Öland. Striderna tog efter någon tid fart igen och slutet kom när Nils Dacke tillfångatogs av fogden i Kalmar och dödades år 1543.